Prvi nalazi fosilnih dijatomeja

Najraniji poznati fosili dijatomeja vode porijeklo iz Jure (prije oko 185 miliona godina), iako molekularni sat i sedimentni dokazi ukazuju na još ranije porijeklo. Sugerira se da bi njihovo porijeklo moglo biti povezano s masovnim izumiranjem na kraju Perma (~ 250 Ma), nakon čega su otvorene mnoge morske ekološke niše. Vrijeme između ovog događaja i vremena kada su se pojavile prve dijatomeje može ukazivati na period kada su one bile ne-silifikovane i kada je njihov evolutivni razvoj bio prikriven. Od vremena pojave silicifikacije, dijatomeje su ostavile značajne fosilne zapise, jer su glavna ležišta pronađena još u ranoj Kredi, a neke stijene poput dijatomejske zemlje gotovo su u potpunosti sastavljene od njih.